Thế kỷ thứ 13, sau chiến thắng giặc Nguyên Mông xâm lược, vua Trần Nhân Tông nhường ngôi cho thái tử, chọn nơi này tụng kinh niệm Phật, khởi xướng thiền phái Trúc Lâm. Từ đó, Yên Tử mới trở thành trung tâm Phật giáo nổi tiếng cả nước.

Đường lên núi biết mấy nhọc nhằn, cho nên không biết từ bao giờ, dân gian đã có câu ca dao:
 

Nào ai quyết chí tu hành
Có về Yên Tử mới đành lòng tu...

Qua dốc Voi Xô thì lên núi Hạ Kiệu, ghi dấu nơi vua Trần Anh Tông lên thăm vua cha, phải xuống kiệu từ đây. Đường lên chùa xếp đá làm thành bậc. Hai bên đường trồng thông, nay có cây chu vi tới 4m60. Ngôi tháp nổi trội nhất trong khu Yên Tử là Tháp Tổ, bằng đá, 6 tầng. Chính giữa là Huệ Quang kim tháp tức là tháp đức Giác Hoàng, trong có tượng đá. Trước mặt tháp có cây hương đá. Bốn mặt tường quanh tháp xây bằng loại gạch thời Trần. Trên đỉnh tường lợp ngói mũi hài kép, cũng là sản phầm thời Trần. Phía ngoài tường gạch, quây quần rừng tháp 45 ngọn. Mỗi ngôi tháp ấy là nơi cất giữ hài cốt của một vị sư tu hành ở đây. Con đường từ cửa tò vò sau tháp Huệ Quang lên chùa Hoa Yên lát loại gạch vuông lớn, in hình hoa cúc

Chùa Hoa Yên và các chùa chung quanh tạo nên quần thể kiến trúc chính của khu Yên Tử. Thời Trần, chùa có tên gọi là Vân Yên. Khoảng niên hiệu Hồng Đức, vua Lê Thánh Tông ngự du thăm chùa, thấy hoa cỏ xanh tươi, nhà vua mới đổi tên là Hoa Yên.

Thiên nhiên đã phú cho chốn này một vẻ kỳ thú!

Đứng ở hiên chùa nhìn về phía đông thấy mây giăng mờ mịt nhưng đầu canh năm đã xuất hiện mặt trời. Cho nên, "ức Trai tiên sinh Nguyễn Trãi lên thăm chùa, có làm bài thơ kỷ niệm: Đề Chùa Hoa Yên núi Yên Tử:

Trên non Yên Tử chòm cao nhất,

Trời mới canh năm đã sáng tinh.

Vũ trụ mắt đưa ngoài biển cả,

Nói cười ngưòi ở giữa mây xanh.

Muôn hàng giáo ngọc tre gài cửa, 

Bao dải tua châu đá rủ mành. 

Dấu cũ Nhân Tông còn vẫn đấy, 

Trùng đồng thấy giữa áng quang minh.

(Theo ức Trai Thi tập) 

Hai bên chùa Hoa Yên có viện Phù Đồ, Lầu Trống, Lầu Chuông, nhà dưỡng tăng và nhà khách. Xa hơn, bên phải chùa Hoa Yên có chùa Thiền Định, nơi vua Trần ngày xưa đọc kinh niệm Phật, còn bên trái là chùa Một Mái, nơi vua Trần đọc sách.

Sau lưng chùa Hoa Yên có chùa Phổ Đà.

Ngược lên đỉnh núi có chùa Bảo Sái, rồi lên cao nữa là chùa Vân Tiên. Trong bài thơ Vân Tiên am vua Trần Anh Tông đã viết:

Một tòa nhà sừng sững như chiếc lọng cao chạm mây, 

Cung điện thần tiên không chút trần tục.